Debes haber notado que los comandos ingresados mediante Ejecutar son guardados automáticamente. Se puede acceder a ellos haciendo clic en el menú despegable:
Para limpiar el historial del comando Ejecutar, presiona la tecla de Windows + X y selecciona Ejecutar:
Ingresa regedit y haz clic en Aceptar para abrir el Editor del Registro:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU
Habrá una clave para cada uno de los comandos usados mediante Ejecutar. Puedes borrar el historial de Ejecutar eliminando estas claves.