Porque con el tiempo cuando vamos guardando archivos se van creando pequeños espacios entre archivo y archivo lo cual también ocupan espacio y al desfragmentar lo que hace es juntar todos los archivos eliminando así los pequeños espacios que se van formando y que no se utilizan así queda más limpio, más rápido y con más espacio a veces imperceptible.
He llegado a liberar varios GB de esta forma. En un disco q estaba bastante fragmentado. Me imaginé q era por eso pero no estaba seguro de que esos espacios intermedios vacíos eran contados como ocupados