Archivos ocultos y permanacen

Hola, espero que esten bien, mi pregunta es como se hace para eliminar archivos ocultos en "C" y en "Mis Documentos" y en lo cual me voy a "herramientas y Opciones de carpetas" le doy mostrar carpetas ocultas en la cual me indica que ya estan visibles y resulta que todavía permanecen ocultas y o se que tipos de carpetas ya que las ignoro que tipo de programa hay o que hay que hacer para eliminar esas carpetas sin formatear la pc, de antemano gracias