A que tipo de archivo te estás refiriendo, con que extensión ? Si es un archivo oculto o alguno del sistema operativo no te lo recomiendo. Probá cortando y pegando en otro lado y luego eliminalo desde la nueva ubicación. Probá con el CCleaner y reiniciá la máquina y si aún persiste echale lavandina, pero ojo con lo que vas a eliminar.