Disco rígido externo.

Hola. Tengo un disco rígido externo conectado al puerto usb de una desktop. La BIOS está configurada par que bootee primero de este disco. Cuando arranca la pc, lee el disco y aparece una pantalla negra y el sistema se queda en ese estado. No es posible hacer nada. El disco no tiene ningún archivo de sistema ni oculto. Lo que quiero es arrancar el sistema operativo del disco interno normalmente. ¿Qué le tengo que hacer al disco externo para que no interfiera en el arranque y poder usarlo en windows?