Buenas tardes, tengo el siguiente problema

grabo un pendrive con varias carpetas y las graba bien, incluso reviso todas las carpetas hago click en extraccion segura y luego saco el pendrive, hasta ahi todo bien, pero cuando inserto el pendrive de nuevo para ver las carpetas me aparecen las mitad de ellas vacias, le hice formateo al pendrive y copie todo de nuevo y me pasa el mismo problema, si alguien por favor me puede ayudar le estaria muy agradecido, de antemani muchas gracias