Problemas de instalacion

Hola, mi problema es que tengo dos discos duros , uno de 500Gb y otro de 30 Gb funcionaba todo bien , usaba el de 500 gb como el de sistema y el de 30 para datos varios.
Pero un dia todo funcinaba exageradamente lento , formatee el disco de 500 para instalar todo de nuevo pero me di que la installacion es muy lenta ,algo raro , porque con el disco de 30 no me pasa esto ,la instalacion es normal y funciona muy bien ,pero con el de 500 no todo es exageradamente lento .
El de 500 gb es sata y el de 30 gb ide , desde ya agradezco sus ayudas!!!!!
sistema operativo windows xp sp2
cpu amd sempron 1250 con 4gb de ram