Problema en R4i-gold

Hola tengo un problema con R4i-gold. Resulta que la targeta me funcionaba correctamente hasta que la formatee sin saber que mi PC alojaba algun virus troyano o similar.
Tras limpiar el PC. vuelvo a formatear la micro SD y cargo el mismo Kernel. El cartucho funciona con un cambio significativo:
Al cargar los juegos, hace un paso que antes no hacia, sale una barra y dice "guardar juego", cuando la barra llega a su fin (tarda bastante) salta a la pantalla de "Loading..." y carga el juego (esto es lo que hacia antes, pero haciendo el Loading... mucho mas rapido).
En algun juego que otro tras hacer este primer paso se queda colgado en Loading... (juegos que antes iban)

Mi pregunta es si es posible que la microSD le introdujera algun virus al cartucho y si es así como se puede arreglar.
Me gustaria saber si alguien sabe de algo parecido.
Gracias