Virus convierte mis fichero de imagen y video en carpetas

Hola a todos es la primera vez que escribo en este foro.

He visto temas parecidos en este foro, pero con accesos directos de carpeta, yo tengo un virus en un disco duro externo que me convierte ficheros mkv y fotos en carpetas, estas carpetas creadas están vacías y no puedo acceder a ellas ni borrarlas (para hacerlo tengo que usar Unlocker).
ya le he pasado el antivirus Kaspersky varias veces y este no detecta nada en el disco duro externo,
¿que puedo hacer para recuperar mis ficheros? ¿he de formatear el disco duro externo para intentar parar la infección?
¿como puedo evitarlo en un futuro?

muchas gracias