Hola Natali98,
Es que todo corre bien al encender con la placa, pero la situación es diferente al utilizar el botón de encendido de la torre, no? Es posible que se trate de fallo del botón de encendido o del cable entre el botón y la placa base. Mira si será posible cambiarlo.
Otra posibilidad es que haya problema con la fuente de alimentación que no enciende normalmente. El problema podría indicar un fallo de la fuente en futuro. Si el computador enciende cada vez sin problemas utilizando la placa, fallo de la fuente es poco probable pero es posible.
Es difícil decirte con seguridad qué pasa con el ordenador. Será mejor llevarlo a algún técnico para que lo examine.
Saludos