Problemas al encender y con los puertos USB

Hola!, bueno tratare de no abundar mucho y explicar de forma concisa ya que el problema que tengo es muy peculiar y no he visto nada parecido ni en internet ni en conocidos. Espero entiendan!.

Pues sucede que cada vez que enciendo el computador, este se queda paralizado en el spash inicial del bios o a veces en la animación de inicio de windows, o sea, esta empieza pero a un momento dado se paraliza y ahí se queda, no hace nada. Esto sucede desde que arme la maquina, al principio al pasar esto apagada la computadora (presionando el botón o por el switch del powe supply), y encendía de inmediato, este proceso repetidas veces hasta que subía normal sin congelarse, pero aun asi, luego de un tiempo apagada lo mismo, luego le "cogí un truco" y lo que hacia es que cuando la prendía y se congelaba la dejaba un buen rato así, luego solo la apagaba como antes mencione y subía normal. Al cabo de unos tres meses se daño el disco, y creo que se debe a realizar el proceso antes mencionado, al apagarla tan bruscamente durante tanto tiempo, aparte de eso la computadora funcionaba excelente!, luego compre otro disco duro y lo mismo hasta que este se daño también.

Eso por un lado, por otro lado, también sucede que muchas veces al encender así como mencione "fría" algunos puertos USB no funcionan, a veces ninguno, incluso el led del ratón enciende pero la flecha no se mueve.

Y bueno eso es todo... A ver si alguien podría al menos saber mas o menos que pueda ser, si han visto eso antes o algo! de verdad que no se que hacer, y disculpen si abunde de mas, trate de ser lo mas explicito posible, porque veo en internet problemas parecidos pero no del todo.

P.D. Tengo sospechas con que sea la tarjeta madre pero también he sospechado de algún problema energetico algo a causa del mismo power supply, pero solo han sido sospechas.

Muchas gracias de antemano! y aquí debajo les dejo los specs de mi maquina.

Tarjeta madre: GIGABYTE GA-990FXA-UD5 AM3+ AMD 990FX SATA 6Gb/s USB 3.0.
Procesador: AMD Phenom II X4 980 - 3.7 GHz Quad-Core.
Memoria RAM: Corsair Vengeance DDR3-1600 PC3-12800 CL10 16GB.
Tarjeta de video: EVGA GeForce GTX 560 2048MB GDDR5 PCI Express 2.0
Disco duro: Seagate Barracuda 1.5 TB, Internal, 5900 RPM
CD/DVD: Corsair 600W Builder Series CX600 V2 80
Power Supply: New Lite-On IHAS424-98 LightScribe 24X SATA DVD+/-RW Dual