Errores en particion de disco duro

Hola, que tal
tengo un disco duro con C donde tengo instalado el win xp y otra particion D donde acabo de instalar el win 7.
Desde que he instalado win 7 en D , cada vez que se inicia el pc me hace un chkdsk , incluso cuando tambien prendo el xp , debo de decir que antes de instalar el win 7 en D , no habia tenido ese problema , ni me daba errores de ningun tipo. Siempre que inicio con win 7 siempre me sale que se debe hacer un escaneo al disco duro para comprobar coherencias, tambien me da mensajes de que la estructura de archivos esta dañada u otras veces el win 7 arranca pero parece que todo va a trompicones y el sonido se escucha mal , incluso la cache del navegador no funciona , esto solo ocurre en la particion D que es donde tengo el win 7. Cabe señalar como dato importante que antes tuve el vista y pasaba exactamente lo mismo , asi que me da que pensar que el sistema operativo no es el causante, he pasado herramienta , para el disco como el tuneup y limpiado registro , se han hecho ya decenas de veces chkdsk y nada , no se soluciona.
Por favor me podeis decir si hay alguna forma de solucionar el problema? porque no me pasa en C que es donde tengo el xp?

Saludos y muchisimas gracias