Eliminar virus de disco externo

Hola a todos,
para empezar tengo el kaspersky internet security 2011 original
y no lo detecta
ejecute el cmd y aplique lo que me dijeron y nada
pero aplique el script mata_virus_amvo_usb
y si aparecieron las carpetas como ocultas
es facil para un usb
pero como debemos hacer con un disco duro externo de 1 tera
es mas laborioso bajar la informacion