Duda Reinstalar vista usando cd restauración

Hola,

He decidido hoy, ya que ayer me la pasé buscando una solución a mi problema, sin hallar nada que me ayudase.
La cosa es que descargé unos archivos desde megaupload desde unos links colgados en foro, y noté algo extraño cuando extraía una parte, lo cancelé y eliminé eso que me pareció sospechoso, hasta ahí todo bién, ahora me quedó un archivo que no tiene formato y que pesa 0Kb, y no se deja eliminar por que dice que el elemento no se encuentra.
Probé con miles de programas, unlocker, kill algo.. etc etc
ahora no me interesa eliminar ese archivo, sino reinstalar el sistema.

Mi pregunta es la siguiente, tengo unos dvds de recuperación de windows que cree y mi laptop ya viene particionado de fábrica de esta manera:
- Vista C: 115GB libres de 186GB
- Data E:152GB de 184GB

En la partición de vista claro está que se alojan todos los directorios de los programas instalados.

En Data aparece una carpeta que dice HDDRecovery , y otra Program Files (x86) en la cual que sólo se aloja adobe photoshop ahí.

Termino por aclarar mis archivos los tengo alojados en una carpeta en la partición Data E:
Si me decido por volver el sistema al estado de fábrica por medio de los dvds que tengo, se eliminará todos mis archivos?
que ocurre si los alojo dentro de la carpeta HDDRecovery, estarían protegidos de alguna manera, el problema es que mis archivos entre música y fotos es un peso considerable, y para más mala suerte la mía no poseo un disco externo.
Alguién que me de los pasos correctamente a seguir para no eliminar mis archivos, pero si resintalar windows, le agradecería

Saludos y estaré atento a una respuesta.