Problema con linux

Hola,
En una empresa que abandono Windows 2000 y XP por pasarse a Linux se encontró que ellos trabajan con una aplicación cliente en Windows que esta siendo emulada en cada equipo Linux lo que hace que la aplicación corra un 20% mas lenta que lo normal y se generen errores inesperados, los datos de la aplicación se encuentran almacenados en una base de datos PostgreSQL.

¿Cuál seria la solución mas adecuada para resolver estos problemas?,