Particion de disco duro, y carpeta

Hola,
mi problema esque me formatearon mi PC y me partieron mi disco duro C para conformarlo por dos, es decir, tengo dos discos duros: el C y ahora el D, en el primero tengo todos mis archivos etc, y en el segundo (el D) no tenia nada, estaba vacio hasta apenas unos dias me aparecio una carpeta del sistema con un nombre muy largo y dentro de ella contiene otras dos, una que dice amd64 y otra que dice i386, pero me encontre con que esta carpeta ya la tengo en el disco C, mi duda o es si puedo borrar esta carpeta q me aparecio del disco D?? pasara algo con mi equipo si la borro?? o es necesario tenerla ahi en ese disco duro para que puedan funcionar los dos?? espero su ayuda y sus consejos, de antemano gracias!!