¿Cómo reparo mi PC de un virus?

Hola,

Es que traté de poner mi memoria flash como disco duro, entonces vi un video y descargue un archivo de bloc de notas, me funcionó, pero mi pc comenzo a fallar, trate de instalar windows 7 formateandola, y no me dejaba salia un error y al final ya no la pude usar; despues de un tiempo la encendi y si me funcionó, pero mi antivirus estaba desactivado y en el disco local C aparecieron dos carpetas que no se pueden eliminar, ayuda por favor se me traba la máquina y no se que hacer, el antivirus no detecta las carpetas como virus asi que por favor ayudenme.
Gracias.