Conecto mi disco duro externo y mi computador de congela

Hola! Les cuento el problemita que arrastro, yo tengo un HDD externo bastante decente que particione en 3 partes para poder usarlo en el wii, todo iba bien hasta que mi computador tuvo un altercado con unos virus despues de que deje que mi madre lo usara mientras no estaba, el caso es que luego de supuestamente limpiar todo el PC de malware ahora conecto el HDD externo y windows se congela o anda muy muy lento, lei por ahi que podia ser el HDD pero lo probe en unas labtops y funciona como antes funcionaba en mi gran PC

a alguien se le ocurre que pueda estar pasando? me siento encrucijado ya que no podre formatear mi windows amenos que respalde mis cosas en el disco externo...

saludos!

PD: Uso Windows XP UE 7 Sp3