Use tuneup y se eliminaron los iconos del menu/inicio¿Que hago?

bueno ocurre lo siguiente, descargue tuneup, y use las recomendaciones que me decia el programa, igualmente elimine archivos temporales y todo eso, eso si no toque lo de las funciones de windows. cuando termine de hacer todo esto, me diriji a el menu de inicio, todos los programas y solo me aparece las carpetas, mas no los archivos y no se que hacer, he intentado ya vairas cosas y no me da resultado, le pongo en restaurar sistema, y me dice que no se puede hacer la restauracion y no se que mas intentar, si algien me podria ayudar, se lo agradecira mucho.