Pequeños cortes de sonido en la reproducción de una peli

Buenas a todos, os comento, mi problema viene de varias peliculas , en formato mkv a las que he multiplexado quitandoles el audio en español y dejando solo el audio en ingles , es decir , la pelicula tiene audio en español y en ingles pero yo he quitado el audio español para poder verla en ingles , el problema es que cada minuto o menos se oyen pequeños chisquidos de sonidos como cortes pero el video siguie, es bastante molesto. He de decir que si hago el multiplexado dejando el audio en español no da el problema de sonido y me preguntaba si alguien me podria ayudar con el tema. Hago el multipleaxado con el programa MKVmergegui V.6.2.0. Espero haberme explicado bien y gracias de antemano.