Unas palabras de agradecimiento nunca están de más.

Hacer un checkdisk (chkdsk) en Windows

En Windows 10 / 8 / 7, para comprobar el estado de las particiones del disco duro, existen dos soluciones, que aquí te explicamos.

Comprobar en modo seguro
Comprobar el disco al iniciar Windows

Comprobar en modo seguro

Inicia Windows en modo seguro (presiona varias veces la tecla F8 o F5 antes de que cargue Windows).
Abre "Mi PC" (haz doble clic sobre dicho icono en el escritorio)
Haz clic derecho sobre la partición que quieres comprobar (usualmente C:) y selecciona "Propiedades"
En la ventana que se abre, haz clic en "Herramientas > Comprobar ahora"

Nota: la segunda casilla permite un análisis profundo de los sectores del disco. En caso de que se encuentren sectores defectuosos, el sistema intentará restaurar los datos de estos sectores.

Comprobar el disco al iniciar Windows

Abre una ventana MS-Dos (Inicio > Ejecutar > cmd > Aceptar)
Escribe chkdsk c: /F
Si el sistema te pregunta si deseas hacer la comprobación la próxima vez que inicies el sistema, ingresa s y presiona Enter.

Para hacer un análisis profundo, ingresa el comando chkdsk c: /F /R /I

Esta solución es la recomendada ya que permite a Windows comprobar el disco antes del inicio de los programas.