Virus Boot.exe

Le pase el antimalware y encontro un archivo y dos registros los que elimine. Actualize mi Kaspersky y escanee nuevamente y no encontro nada. Busque con el explorador todos los archivos boot y encontre dos archivos Boot.exe en Windows/System y en Windows/System32 y los elimine y no han vuelto a aparecer como proceso ni como aplicaciones, pero al pasarle el Kaspersky a mi flash me dice que escaneó un archivo Boot.exe (que lo habia cogido de la maquina) y que esta correcto y aunque tengo habilitado ver archivos y carpetas ocultos ni este ni un autorun.inf que tambien esta en la flash los puedo ver en mi explorador. Para eliminarlos tuve que formatear la flash pero me preocupa que no pueda ver estos ficheros teniendo habilitado ver los ocultos, asi como que el Kaspersky no me reconozca e estos Boot.exe. Saludos y gracias por la ayuda