MRT.exe ¿infectado?

Hola,
Hace unos días fuí infectado por el troyano Bagle, al ejecutar un archivo procedente de p2p. Seguí los consejos que se detallan en http://es.ccm.net/faq/sujet 447 como eliminar el virus beagle bagle y pude eliminarlo, pero al ejecutar el comando
findstr /S /I /M /L "Themida" C:\*.exe>>"%userprofile%\escritorio\Startvir.txt"
me reporta como archivo sospechoso el MRT.exe que se encuentra en C:\WINDOWS\system32\. Al tratarse de un programa de windows (herramienta de eliminación de software malintencionado), he duddado a la hora de eliminarlo. ¿Que hacer?
Gracias