Formatear el sistema operativo

buenas.

tengo un portátil toshiba satellite A200 (PSAE)- kiero formatear el sistema operativo pero si uso el cd de inicio que me vino por primera vez con mi ordenador solo me formatea el disco duro.

Pues ya he formateado el disco duro como 10 veces y hoy un amigo me a dicho que lo que realmente me interesa en mi caso es formatear el sistema operativo porque tengo jodidos algunos administradores de complementos y que solo se me areglaran si formateo el sistema entero.

léanme gracias por atenderme ^^