Ayuda....no se si es el autorun o que

un virus en mi usb convirtio mis carpetas en aplicaciones y otras carpetas las oculta
no puedo formatear mi usb por que hay aplicaciones en uso cual no se ya que todo mi computador esta sin usar ninguna aplicacion
aparte aparese el autorun a cada rato...estaba pensando inclu en cambiarme de s.o. para ver mi archivos por que esta ocultosy no los puedo ver de ninguna forma posible llegue hasta llegue al extremo de sacarlo con dos...ayuda!!!