Problemas con el cd de arranque de windows.

Hola,tengo un problema al querer reparar con el disco de inicio de windows mi PC,por que de momento me salio un texto que decia que no se podia abrir por que el archivo WINDOWS/SYSTEM 32/CONFIG/SYSTEM. estaba dañado .Y al querer repararlo con el disco de arranque, con el mismo que lo formatee hace meses,al meterme en bios sequence le pongo el 1 al usb cd rom el 2 al HD Ide sata, lo guardo con intro ,le doy a la tecla esc y me sale la opcion save & exit ,se reinicia pero nada de nada ,me sale una pantalla gris con textos del sistema y opciones para que continue pulse f1 o pulse f2 para volver a los bios ¿me podeis ayudar ? estoy ya desesperado. GRACIAS