Los programas de mi compu no abren

Hola,
Mi pregunta va dirigida a lo siguiente; instalé un antivirus(avg 8.0) realice el análisis todo bien, luego fui a la bóveda de virus y allí habia muchos archivos con virus, no me fije y los elimine todos, resulta que en ese listado habia autorruns de arranque de programas y creo que eso es lo que no me deja abrir ninguno, por lo tanto quiero saber que debo hacer. podrías colaborarme? gracias.