Eliminar una antigua instalación de Windows 7 en un disco

Hola, he actualizado mi PC de modo que mi antiguo HD principal, con W7 instalado, va a ser ahora un HD secundario para "almacenar". Me gustaría deshacerme de la carpeta Windows, de ARchivos de programa y de Documents and settings. Pero mi nueva instalación de W7 (por supuesto desde otro disco que es ahora el principal, más grande) no me deja borrar tales carpetas. Me gustaría dejar este disco antiguo como almacén, sin necesidad de tenerlo que formatear porque tengo información que quiero conservar. ¿Cómo borro todo lo innecesario para dejarlo como disco duro secundario y que no dé problemas?
Gracias