Problema con dos discos duros

Buenas, primero que nada esta es mi primera publicación y quisiera que me ayudarán por favor.
Resulta que tengo este problema:
Yo tengo 2 discos duros pero antes utilizaba solo uno porque pensaba que el otro estaba dañado. Investigando por allí me dio por conectarlo y me di cuenta que ambos funcionaban y a mi parecer eso estaba perfecto ya que iba a tener más espacio pero el problema surgió cuando me di cuenta que en ambos discos duros tenía instalado Windows 7 y aparte de eso ambos tienen instalados muchos programas similares (Ambos tienen instalado Team Fortress, Counter, etc.) así que me gustaría que me ayudaran. Aparte también uno de los discos creo una partición y no se como eliminarla.
De preferencia si se puede pasar cosas del disco duro que tengo como <<reserva>> al principal pero si no pues ni modo.