Eliminar virus en pendrive

No consigo terminar de copiar carpetas de mi Pc (XP) al pendrive 32 GB porque luego de copiarse diversas se clava la trasferencia. Para poder salir doy Cancelar pero no termina el proceso y debo resetear la Pc. Cuando la reinicio y voy al pen para abrir las carpetas copiadas no me deja, salvo alguna. No me queda otra que formatear el extraíble. Cuando lo hice por el modo completo me demoró horas en terminar. Ahora que apenas le dí el rápido, me borró las carpetas en un minuto o menos, pero pude volver a intentar copiar. No me animo a copiar todo de nuevo porque serían unos 29 GB, ya que me pasó varias veces. He analizado con el Eset Nod32 cada carpeta grande antes del copiado y pareciera que me sirvió, pero no confío. Qué puedo hacer?