Mi memoria crea accesos directos, y no se eliminan

Hace poco metí mi memoria micro sd a una computadora con virus, pero al volverla a ingresar a mi celular no estaba ningún archivo. Los archivos se encontraban en una carpeta '.thrashes', busque una solución para eso e ingrese al 'cmd' donde escribía "D:Attrib/d /s -r -h -s *.*". anteriormente ya la había formateado, y creí que funcionaría como en ocasiones anteriores.
Después del procedimiento copie carpetas y me las duplico en accesos directos, pero no fue todo, la mitad de mis archivos estaba en la carpeta original y en la acceso directo la otra parte. ¿Qué me recomiendan que haga?