Programacion javascript

Hola, soy nuevo en js y tengo un problema. En mi archivo master hice u popup para mi pagina index y todo bien. Despues en el mismo archivo a continuacion hice algo parecido para otra pde mis paginas y nada. Si pongo el mismo codigo en otro archivo js anda. Si paso arriba el nuevo codigo del anterior anda pero deja de andar el primero. Probe poner las variables todas arriba y las funciones abajo pero nada.
Mi pregunta es si tengo que hacer cada archivo q modifique el DOM por separado o puedo meter todas las funciones en un archivo y como hago eso. Evidentemente se me estan pisando