Virus de accesos directos (Documents, Downloads)

Mi problema es el siguiente, al conectar un usb en una computadora de la escuela se infecto, esto ya me habia sucedido en una ocasion anterior y logre recuperar mis archivos esta vez es diferente, no tengo algun archivo de interes solo que me interesa limpiar mis usb's al ejecutar la nota con extension ".bat" no se me soluciona nada, tampoco al entrar a regedit, alguien podria indicarme un metodo eficaz al 100%, he buscado por muchas paginas pero todas me conducen al archivo ".bat" o solo a mostrar mis archivos ocultos, nada que limpe mi usb...