Instalar un S.O en cada disco.

Que tal, tengo en mi pc un disco SATA con Windows 7 original con datos importantes, etc. Y otro disco PATA conectado como esclavo que usaba como deposito de informacion. Este ultimo lo formateé a cero y le quiero instalar un Windows 8 pirata para despues elegir con que S.O arrancar cuando prenda la PC. Mi duda es si debo conectar el PATA como maestro para instalarle el windows o si puede causar algun error al conectar ambos discos asi (Tengo entendido que los discos SATA no usan jumpers), tenía pensado desconectar el SATA y hacer la instalacion solo con el PATA conectado para no confundirme de disco o sobreescribir los archivos y despues volver a conectar ambos, saludos.