Doxygen es una excelente herramienta de programación, que tiene la aptitud de poder procesar el código de fuente de los lenguajes Java, Objetive-C e IDL, C++. Además de soportar otros en menor medida, como PHP, C y D .
También te permite la posibilidad de generar la documentación en múltiples formatos como La Tex, PDF, HTML, RTF o PostScript.
Cuenta con un asistente para ayudarte a crear la documentación del código de fuente de tu programa sin ningún tipo de problema.
Este programa es gratuito.